Confirme se você reabriu a mesma edição e cópia armazenada em Applications. Cópias da App Store, diretas e beta podem manter configurações separadas.
Altere uma preferência, saia normalmente e reabra. Um encerramento forçado durante a gravação pode impedir a persistência.
Lembre-se de que limites e regras de ignorar afetam novas varreduras, não um resultado já aberto.
Um perfil organizacional ou ambiente somente leitura pode impor configurações. Contate o administrador para um Mac gerenciado.
Se o problema continuar, registre a configuração exata, valores antes e depois, edição, versão e se todas as preferências ou apenas uma estão afetadas.